הפועל באר שבע הוא מועדון כדורגל נשים, הכולל קבוצה המשחקת בליגת העל בכדורגל נשים. המועדון נוסד בשנת 2000 ושיחק בליגה הבכירה עד להקמת ליגת המישנה ומאז מתנדנדת הקבוצה בין הליגות. המועדון כולל גם קבוצות לילדות ונערות. במהלך השנים נאבקה הקבוצה על קבלת תנאים הוגנים, עתרה לבית המשפט בטענה לאפליה מגדרית של העירייה ואף זכתה בעתירה זו.
מהקמתה שיחקה הקבוצה בליגה הראשונה עד לעונת 2009/2010 אז ירדה לליגה השנייה שהוקמה מחדש בעונה זו. הקבוצה סיימה ראשונה ועלתה חזרה לליגה הראשונה כבר בניסיון הראשון. לאחר שתי עונות בליגה הראשונה ירדה הקבוצה שוב לליגה השנייה ושיחקה בה עד עונת 2017/2018 אז סיימה ראשונה ועלתה לליגת העל. לאחר עונה אחת ירדה לליגה הלאומית אך סיימה ראשונה בעונת 2019/2020 ועלתה שוב לליגת העל.
